将虚拟筛选,分子动力学和MM相结合

结合虚拟检测,分子动力学和MM-PBSA方法研究潜在的昆虫β-N-乙酰己糖胺酶抑制剂
龙门门
[概述]几丁质-β-N-乙酰基己糖胺酶是一种水解昆虫几丁质的酶。
因为该酶仅存在于昆虫中,所以该酶是开发每种物种特定生态杀虫剂的潜在且有利的目的。
迄今为止,尚未开发出针对几丁质-β-N-乙酰基己糖胺酶的杀虫剂。
因此,本文的研究主要集中在β-N-乙酰己糖胺酶抑制杀虫剂重要结构的研究上,并结合不同的理论计算方法,发现了新的有效抑制剂。提供了小分子,理论依据。
首先,基于最近发布的β-N-乙酰基己糖胺酶(OfHex1。
(Pdb)基于优化的农药相似性标准,对8x106小分子ZINC数据库进行了先前的选择,然后使用基于偶联的方法对数据库进行了过滤。这五个小分子与β-N-乙酰基己糖胺酶具有良好的偶联构象,这五个小分子的偶联评分是许多小分子化合物中排名前五的化合物是的。
其次,这五个结合复合物的分子结合和分子动力学方法揭示了一个由Trp424,Trp448和Trp524组成的疏水袋,它们是配体受体复合物的疏水袋。。还有两个重要的氨基酸Asp477和Trp490,氢键和配体之间的共轭π-π键的形成分别对配合物的稳定性起重要作用。
最后,使用MM / PBSA分析,我们证明了配体和受体之间形成的vanderWaals的力量是复合物抑制剂-受体复合物的主要作用力。该结果主要与OfHex1的疏水结合袋有关,并且该氨基酸组成的事实是一致的。
这些结果表明,ZINC数据库的虚拟检测可以最大程度地检测OfHex 1酶的潜在抑制剂。该理论计算方法是检测潜在抑制剂的有价值的研究方法。合理设计OfHex1特有的新型强力杀虫剂的巨大价值。
[学分]:西北大学[学年]:硕士学位[毕业年]:2013[分类号]:Q55; S482。

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